Deakins kết hôn với Isabella James Purefoy Ellis vào ngày 11 tháng 12 năm 1991.[52] Họ gặp nhau vào năm 1991 tại Los Angeles trên phim trường của Homicide do David Mamet đạo diễn – khi đó bà đang làm giám sát kịch bản.[53] Hai người bắt đầu hẹn hò sau khi Homicide kết thúc quá trình sản xuất và kết hôn trong vòng sáu tháng.[53] Kể từ đó, James Ellis đã "giám sát quy trình làm việc kỹ thuật số của nhiều bộ phim"[54] và cả hai đã cùng làm việc trong nhiều dự án khác nhau, trong đó có The Goldfinch và 1917.[55] Kể từ tháng 2 năm 2020, cả hai cư trú tại Kingswear, Devon và Santa Monica, California, [54]

Deakins đã giữ một chiếc thuyền cho mình kể từ khi bắt đầu những hoạt động này với cha khi còn nhỏ – bao gồm một chiếc thuyền buồm và sau đó là một chiếc thuyền máy – và hiện ông đang giữ một chiếc ở quê nhà Torquay, nơi ông thường đến khi ở Anh.[53][54] Khi ở Devon, ông thích chạy bộ[53][54] và vẫn duy trì niềm đam mê chụp ảnh tĩnh.[54] Năm 2021, Deakins phát hành một cuốn sách với tựa đề Byways, đăng tải những bức ảnh tĩnh đen trắng của mình.[56]

Kể từ năm 2005, Deakins duy trì một trang web mà qua đó ông thường xuyên giao tiếp với người ngưỡng mộ và những người cùng ngành. Các hoạt động này bao gồm việc trả lời câu hỏi của người hâm mộ và đưa ra các mẹo quay phim.[3][4] Kể từ tháng 4 năm 2020, ông và vợ đã cùng nhau thực hiện podcast Team Deakins, với các khách mời gồm Sam Mendes, John Crowley và Denis Villeneuve.[57][58]